وزارت بهداشت نیز همانند وزارت علوم هر سال اقدام به جذب دانشجو از طریق ثبت نام آزمون ارشد وزارت بهداشت می کند که لازمه شرکت در این آزمون، پرداخت هزینه ثبت نام کنکور کارشناسی ارشد وزارت بهداشت و تکمیل فرم ثبت نام اینترنتی می باشد. توجه داشته باشید، همانگونه که ثبت نام کنکور کارشناسی ارشد وزارت علوم متفاوت از وزارت بهداشت می باشد، فرآیند پرداخت هزینه ارشد پزشکی نیز از هزینه ثبت نام کنکور ارشد وزارت علوم جدا است.
برای شرکت در هر زمانی، نیاز به پرداخت هزینه آزمون می باشد و کنکور کارشناسی ارشد وزارت بهداشت نیز از این قاعده مستثنی نیست. هر سال سایت مرکز سنجش آموزش پزشکی کشور با انتشار دفترچه ثبت نام ارشد پزشکی، علاوه بر شرایط و مدارک و منابع کنکور ارشد به هزینه ثبت نام نیز اشاره می کند.